Het einde van de 16 de eeuw werd een beroerde tijd, ook voor Beerzel en de rest van de Zuiderkempen. De hervormingsbeweging was ook tot daar doorgedrongen. Het protestantse geloof werd overal gepredikt, onder meer in de zogeheten hagepreken. De onverdraagzaamheid en de gewelddadige reactie van de Spaanse koning en de Roomse kerk veroorzaakten veel onheil in de streek.  Sommige protestanten namen dat niet langer en komen openlijk in opstand.  In augustus 1566 werden kerken en heiligenbeelden verwoest tijdens de Beeldenstorm.  Een jaar later arriveert de hertog van Alva met z'n Spaanse soldaten in ons land om met harde hand orde op zaken te stellen.  Het is het begin van de Tachtigjarige Oorlog (1568-1647).  Alva liet zich al snel zeer schamper uit over de bij ons gebruikelijke rechtsgang: `Recht is in de Nederlanden te koop als vlees bij de slager.' Hij gaf zijn juristen de opdracht eenheid aan te brengen in het strafrecht en het strafprocesrecht, een unificatie die in 1570 werd afgekondigd in de zogenaamde Criminele Ordonnantiën. Het is een van de weinige goede regeringsdaden die van zijn bestuur te noemen zijn, maar dan ook een prestatie van formaat.  Ondertussen breidde Alva z'n militaire slagkracht verder uit.  De door hem opgerichte Raad van Beroerten velde talrijke doodvonnissen.

Ook in Beerzel waren toen Spaanse troepen gelegerd. Ze gebruikten de kerktoren als uitkijkplek over de lager liggende streek errond.  In de gebinten van de toren kan men nu trouwens nog Spaanse namen gekerfd zien.  De komende jaren probeerde het leger van Alva onder leiding van zijn zoon Don Fadrique Alvarez de Toledo, hertog van Huesca, met harde hand de opstand in onze gewesten en de invallen van de "Staatsschen" uit de Noordelijke Nederlanden te onderddrukken. In 1579 werden de klokken van Berlaar en Putte, welke te Lier verborgen waren, aangeslagen en weggevoerd door de Staatsschen. Deze lieten hun juk loodzwaar wegen op de Roomsgezinden en de kerken in het gebied werden niet alleen beroofd van hun klokken, maar ook van al hun ornamenten.  Het harde Spaanse tegenoffensief leidde tot nog ergere plunderingen en bloedbaden.  Eerder was Mechelen op 2 oktober 1572 zo goed als volledig uitgemoord.  In 1585 werd in Heist-op-den-Berg de kerk afgebrand en veel inwoners gedood door de Spanjolen.  Na de val van Antwerpen tijdens de zogeheten Spaanse Furie in datzelfde jaar vluchten er circa 150.000 Vlamingen en Brabanders naar het noorden. Dit feit heeft onder meer de invloed van dialecten als het Antwerps op de wording van het Standaardnederlands groter gemaakt. De bekende Amsterdamse auteur Joost van den Vondel was trouwens een kind van Antwerpse vluchtelingen.

De Tachtigjarige Oorlog was een rampzalige periode in de geschiedenis van het gewest. Ongeveer een kwart van de bevolking werd slachtoffer van de zwarte pest. Kinderen stierven vooral aan kinderziekten zoals de "kinderpocken", aan gebrek aan hygiëne en aangepaste voeding. Slechts de helft van de mensen bereikte de leeftijd van 20 jaar. Het normale sterftecijfer tijdens het Ancien Regime kan geraamd worden op 28 tot 38 per duizend. De levensverwachting bij de geboorte bedroeg in de 16de en 17de eeuw 25 jaar, in de 18de eeuw bijna 30 jaar, rond 1850 circa 36 jaar, rond 1900 circa 47 jaar, en thans ruim 70 jaar. 

Tijdens de Tachtigjarige Oorlog werden Waver, Putte en Beerzel voortdurend geteisterd door nu eens de ene partij dan eens de andere, zodat tegen het einde van de 16e eeuw deze gemeenten nagenoeg plat lagen. Ook de kerken van deze parochies waren grotendeels vernield en het duurde tot 1608 vooraleer de kerk van Beerzel heropgebouwd was.  De zolder van de kerk deed toen dienst als opslagplaats voor allerlei landbouwprodukten. In 1610 deed de landdeken van Lier een inspectietocht. Over zijn bezoek aan Beerzel schreef hij : « De koster is Andreas Swiggers. Hij is getrouwd en ontvangt van de gemeente 7 fandarijen als vergoeding. Hij is schoolmeester, zonder kinderen. De school is het huis van de koster. »   Andreas woonde vlak in ‘t dorp in het huis dat vroeger toebehoorde aan wijlen Wouter Vermeulen, de H. Geestmeester. Dat huis, met hof, was gelegen op het «Kersvelt» en was begrensd door de «Liersche bane, ‘s Heeren strate en het goet van J.B. Keerman».   In 1636 brak er te Beerzel een besmettelijke ziekte uit die vele mensen aantastte.  Nadat de ziekte over haar hoogtepunt was, verklaarden de schepenen, in een verslag van 10 oktober 1638, «dat er ongeveer twee jaar geleden een contagieuse ziekte was uitgebroken.»  Vermoedelijk ging het om een epidemie van dysenterie en pest, die in de jaren 1635 en 1636 de streek teisterde. 

Eindelijk leek er een einde te komen aan de jarenlange oorlogvoering.  In Beerzel en in de meeste andere dorpen in de Kempen was er niemand meer die de vrede nog kon herinneren.  In 1648 werd met de Vrede van Münster een punt gezet achter de verschrikkelijkste oorlogstijden die onze gewesten ooit gekend hebben.  Dat gebeurde met de "Articulen en conditien van den Eeuwigen Vrede geslooten tusschen den Groot-machtigen Koninck van Hispaignen/etc. ten eender/ ende de hoog-mogende Heren Staten Generael der Vereenigde Nederlanden/ ten ander zijde onderteijckent en bezegelt den 30sten januarij 1648 Tot Münster..." 

Het is ook tijdens de Tachtigjarige Oorlog en kort erna dat een aantal Spaanse woorden in onze taal terecht kwamen.  Onder meer legertermen zoals commando, majoor, armada, en Spaans-Amerikaanse vruchten: ananas, coca, cacao, chocolade, kurk, tomaat en tabak.  Ook de uitroep "basta!" voor "'t is genoeg, schei er mee uit, zwijg" komt van het Spaans "(Ya) Basta!"  In de loop van de 17de eeuw bereikte verder ook de aardappel onze streken. Oorspronkelijk komt de aardappel uit de Andeshoogvlakte van Peru. De Indianen noemden de plant “papas”.  De plant werd door de Spaanse conquistadores meegebracht naar Europa aan het einde van een ontdekkingstocht die duurde van 1536 tot 1538.  Aardappelen werden in de oude wereld  voor het eerst verbouwd rond 1570 in de streek van Sevilla. Een Engelse plantkundige noemde de plant “Batata Virginiana” en zo werd de naam “patat” de gangbare benaming voor de aardappel.  De boeren wilden aanvankelijk niets van de aardappel weten. Omdat het loof en de bessen van de plant giftig zijn, dacht men dat de knollen ook erg ongezond waren. De groene delen van de aardappel bevatten vergif: solanine, een krachtig laxans.  In tijden van voedseltekort ging men echter ook bij ons de knollen van de aardappel eten.  Langzaam maar zeker ging ook in de Kempische zandgrond de aardappel een steeds belangrijkere rol spelen in de voedselvoorziening van de bevolking. De aardappel die in ons land aanvankelijk als varkensvoer en 'slechte' kost werd beschouwd, kreeg meer en meer de rol van volksvoedsel. Aardappelen waren goedkoper dan graan (brood). De knol diende als vervanger van groente en won zo populariteit. Door zijn hoge gehalte aan vitamine C werd de knol een bestrijder van de veel voorkomende ziekte scheurbuik. Geleidelijk verspreidde de aardappel zich over heel Europa. Het zou echter nog een paar honderd jaar duren voor de friet tot het populairste voedsel werd in onze regio...

De kerk van Beerzel, waarvan de toren tijdelijk een Spaanse uitkijkpost was, werd oorspronkelijk in de 14de eeuw gebouwd in rode baksteen.  Het was een van de eerste kerken in de Zuiderkempen.  Het gebouw is meerdere keren hersteld en wederopgebouwd.  De toren die in typisch Vlaamse stijl werd opgetrokken, is het oudste gedeelte.  De oudste klok in de toren dateert van 1696.  Ook het eikenhouten tabernakel stamt eveneens uit de 17de eeuw.  Veel later, in 1767 werd de kerk grotendeels vernieuwbouwd.     Reeds tijdens het laatste kwart van de 17de eeuw bezat de kerk van Beerzel onder meer relikwieën van Remigius en Blasius.  De negende bisschop van Antwerpen, J.F. Van Beughem (1679-1699), had de twee zilveren relikwieschrijnen verzegeld. Reeds voor die tijd werd Remigius in Beerzel vereerd door de ongeletterde en goedgelovige bevolking van de hele streek.  Vooral moeders met kinderen riepen zijn hulp in tegen kinkhoest. Vandaar de tekst die werd gebruikt: 

Tegen de zogeheten "kiekhoest" werd aan de zieke kinderen wijwater te drinken gegeven uit een "kiekhoren", zoals het volk de kinkhoren (een echte zeeschelp) noemde, welke voor dat doel rechts in de Beerzelse kerk beschikbaar was.  Die inschuiving van een "n" in het hoogdietse "keuchhusten" zorgde voor een verscherping van de voorafgaande vocaal, en vervormde later "kiekhoest" tot "kinkhoest".  De voornaamste begankenisdag was de zondag van de oktoberkermis in Beerzel.  Tot in de tweede helft van de 20ste eeuw werd er op de eerste zondag van oktober om 15u in het zogeheten "Bjeizels lof" gezegend met de relikwie.  Het (bij)gelovige volk liep driemaal rond de kerk.  Vervolgens lieten de moeders de "kiekhoren" vollopen aan het kraantje, gaven de kinderen ervan te drinken en namen ook een flesje water mee naar huis.  Volgens Emiel Truyts (1883-1954) werd daarbij geld geofferd.  Mits een kleine som kon men zich ook laten inschrijven in het "Broederschap van Remigius". 

Bij elke belangrijk moment in het leven van de dorpelingen werd deze door de kerk in een strak keurslijf geduwd.  Na de decreten van het Concilie van Trente (1545-1563) kregen huwelijken, dopen en dergelijke een welomlijnde procedure. Onder meer werden vanaf dan nauwkeurige geboorteregisters bijgehouden.  Het was tevens een soort kasregister, want voor elke inschrijving van geboorte of huwelijk..., moest betaald worden.  Ook werd de absolute tucht hersteld in de rangen van de kerk en de (gedwongen) gelovigen.  Men werd nogal gauw in de ban van de kerk gedaan.

Ook een verloving kreep nu zeer officieel plaats, in de kerk, voor pastoor en getuigen, allicht voor (of misschien na) de parochiemis, op een zon- of feestdag. Wanneer de bannen (de drie roepen) afgeroepen waren, werd het huwelijk ingezegend door de pastoor van één der twee gehuwden, en publiek, dit is in aanwezigheid van twee getuigen. Het kwam veel voor dat deze twee getuigen de vaders waren van de bruid en de bruidegom.  De "sponsalia" (verloving) werd met veel zorg geregistreerd door de pastoor. Vanaf de verloving waren de twee verliefden "sponsus" en "sponsa" tot de dood met elkaar verbonden. Het werd de parochies opgedragen, nauwkeurig en met grote vlijt te onderzoeken of beide huwelijkskandidaten uit vrije wil met elkaar zullen trouwen en of er geen huwelijksbeletselen zijn. De inzegening van het huwelijk volgde dan op een geschikte dag volgens het "Rituale romanum". De getuigen bij het huwelijk waren niet altijd dezelfde als deze bij de verloving. De kerk zegende geen huwelijken in tijdens de advent en de vasten, tenzij na een speciale permissie. Het huwelijk werd bijna overal gesloten in de parochiekerk van de bruid, alhoewel er ook wel uitzonderingen waren.

De kerk hield met streng gezag het doen en laten van de Beerzelse dorpelingen in het oog.  's Zondags niet naar de mis gaan, of zich afzijdig houden van de communie werd niet alleen genoteerd, maar daar werd ook ten gepaste tijde gevolg aan gegeven.  Ten bewijze een verslag van een dekanaal bezoek in de kerk van Beerzel in 1691. 

(* Nota aj:) Vermoedelijk gaat het hier om een foute vertaling uit het latijn.  "Communicantes 253" betekent heel waarschijnlijk niet "houden hun pasen", maar wel "gaan ter communie".  In het jaar 1691 viel pasen namelijk op 15 april en niet op 30 mei. 

Beerzel maakte reeds van in de 13de eeuw deel uit van het "Het Land van Mechelen".  Die regio werd zo genoemd omdat de dorpen waaruit het bestond, vroeger in bezit waren geweest - en misschien wel als allodiaal goed - van de Berthouts, die tevens Heren van Mechelen waren. Het Land van Mechelen omvatte naast Beerzel nog de volgende dorpen : Aartselaar, Rijmenam, Schelle, O.-L.-V.-Waver, Putte, Berlaar, Waarloos, Schriek en Grootlo, Bonheiden, Niel en Reet.  Ook werd het Land van Mechelen een tijd lang 't Kwartier van Kleef genoemd en later 't Kwartier van Arkel.

In de loop van de 16de eeuw werd in Beerzel, niet ver van de grens met Heist-op-den-Berg, het Pelgrimhof gebouwd. Dit prachtig domein was de woonst van de Heren van Beerzel.  Eerst een zekere Pellegrom en later Jan De Cordes, naar wie bij het samengaan met Putte de Lierbaan in Beerzel vernoemd werd.  Naast de natuur omvat het domein, langs de Perendreef ook ruim 100 "Dubbele Flip" perenbomen, en flinke waterpartijen waarin zoetwatermosselen voorkomen. De dreven zijn ook bekend om hun variëteit aan paddestoelen.  Het Pelgrimhof en het omgevend parklandschap werden in oktober 1975 tot beschermd monument verklaard. 

De Heren van Beerzel hadden bezittingen die over een groot gebied verspreid lagen.  Dit leidde enerzijds tot meer contact tussen dorpen en heerlijkheden in het gebied.  De snelste verbinding gebeurde toen per koets en te paard.  Paarden werden ververst bij afspanningen, waar ook de ruiters wat konden drinken.  Tot in de 16de eeuw waren er in de Kempen eigenlijk nog geen cafés zoals we die tegenwoordig kennen. Er waren wel herbergen, logementen en taveernes, maar die waren helemaal gericht op het verzorgen van reizigers, niet van de eigen inwoners. De herbergen en de logementen hadden altijd wel een kleine gelagkamer, waar de maaltijd genuttigd kon worden en waar de tijd kon worden doorgebracht voor een afspraak of voor het vertrek van de postkoets of het beurtveer. Met de opkomst van het reizen werden de gelagkamers groter. De herbergiers, die altijd nog nevenberoepen hadden, konden zich helemaal concentreren op de exploitatie van hun horecabedrijf. Nu de zaken groter werden, gingen langzamerhand ook de gewone burgers  af en toe eens wat drinken in de herberg. Uit die gelagkamers van de herbergen zijn later soms cafés ontstaan, maar vaak ook bekende restaurants. 

Ook in de 17de eeuw bleef de familie de Cordes macht uitoefenen over Beerzel.  In een akte van 29 mei 1660, verleden door notaris Hendirk Highe, uit Antwerpen, stelde jonker Jan Filip de Cordes, heer van de laathoeve van Mechelen, Jacob Swiggers, die koster was, aan als griffier over de laathoeve « Ten Hole » te Beerzel. Hierin gaf de Cordes aan Jacob Swiggers de opdracht en de bevoegdheid zijn cijnzen te innen, de wanbetalers te manen en de achterstallige cijnzen te vorderen. Verder moest hij alle nodige rechterlijke stappen zetten voor iedere nalatigheid dienaangaande. Jacob was niet alleen ontvanger van belastingen in Beerzel, maar ook koster en landbouwer.  In 1653 huurde hij van de kerkfabriek de zolder van de kerk voor 6 gulden per jaar als opslagplaats voor allerlei landbouwprodukten.  Jacob Swiggers was op 16 januari 1628 in Beerzel geboren.  Hij huwde in 1651 met Elisabeth Gijsemans en overleed op amper 38-jarige leeftijd op 11 april 1665. Hij werd volgens zijn stand begraven juist voor de preekstoel in de vroegere kerk.  Z'n vroege dood zorgde ervoor dat zoon Adriaan Swiggers al op de leeftijd van 13 jaar koster werd in Beerzel. Hij was een vroege starter, met 19 verwekte hij trouwens ook reeds een bastaardzoon... 

Adriaan Swiggers (1652-1728), die gehuwd was met Catharina Dockx, stapte in de voetsporen van z'n vader en in 1680 werd hij door de Raad van Brabant toegelaten tot het uitoefenen van het ambt van notaris te Beerzel. In 1684 werd hij door de schepenen van Beerzel beëdigd als burgemeester. De burgemeester was een  uitvoeringsambtenaar, die belast was met de finandiële administratie van de gemeente. Hij werd aangesteld door de schepenen en voor het uitoefenen van zijn werk werd hij bijgestaan door een collecteur. De collecteur was de man die de belastingen inde, goedgekeurd in het belastingscohier. Hij hield op regelmatige tijdstippen een zitdag, doch in een klein dorp als Beerzel, deed hij een ronde van huis tot huis.  Hij was ook belast met het ontvangen van inkomsten zoals tolgelden, de gelden van de door de gemeente verpachte goederen, toevallige belastingen, enz. 

Na het overlijden van Melchior Frans de Cordes, heer van Beerzel, werd deze opgevolgd door vrouwe Joanna Maria de Cordes . In haar schrijven van 7 november 1691, gericht aan het schepencollege, stelde zij Adriaan Swiggers voor om in haar plaats de eindcontrole te verrichten van de boekhoudingen van de kerk en de H.Geesttafel.  Dit laatste was een organisme dat hulp verstrekte aan behoeftigen van de parochie. De parochiegeestelijke was er de voorzitter van en hij werd bijgestaan door enkele Heilige-Geestmeesters. Zodra men ingeschreven was in het doopregister, werd men een erkend inwoner van het dorp en mocht men rekenen op bijstand in tijden van behoeftigheid. Dat gold zelfs als men het dorp verlaten en zich elders gevestigd had. Wanneer een doopsel van een buitenstaander in de registers werd ingeschreven, werd er altijd het "protest" van de Heilige-Geesttafel bij vermeld. In tijden van inkwartiering van doortrekkende legers kwam het nogal eens voor dat er kinderen van vreemde soldaten werden gedoopt in de kerk. Die konden nooit rekenen op bijstand van de H.-Geesttafel als ze later hulpbehoevend werden. De Heilige-Geesttafel kan men best vergelijken met het huidige O.C.M.W. of de vroegere Commissie van de Openbare Onderstand. 

In december 1691 overleed Peter Van Antwerpen, de secretaris of griffier van Beerzel . Ook hiervoor werd Adriaan Swiggers door mevrouw de Cordes aangesproken.  Door zijn drukke bezigheden, tengevolge van de opeenstapeling van tal van functies, was de woning van Adriaan Swiggers uitgegroeid tot gemeentehuis, notariskabinet, belastingskantoor, rekenkamer enz..   Om het zijn klanten het wachten een stukje aangenamer te maken, en ook voor zijn eigen profijt, besloot hij van zijn nieuwgebouwde woning een café te maken. Dat was destijds meteen de derde herberg in Beerzel. De eerste herberg stond vlak bij de kerk en de andere ver daarvan verwijderd op de grenspalen van het dorp.  Toen het café van Swiggers er eenmaal stond verscheen er in 1694 echter een « placcae(r)t » of wet, die meiers, griffiers of secretarissen en al diegenen die een openbaar ambt bekleedden verbood een herberg of brouwerij uit te baten.  De gevolgen bleven niet uit.  Adriaan Swiggers, secretaris van Beerzel, werd op 5 september 1694, op verzoek van de procureeur-generaal, door de deurwaarder Naulaets beboet met 25 gulden omdat hij in overtreding was met het placcaert.  Adriaan zou vervolgens gedreigd hebben met het opgeven van zijn ambt van secretaris, wat grote ontsteltenis in het gemeentebestuur teweeg bracht. Hij was immers de enige en onvervangbare persoon om de zaken van het dorp te beredderen. Er werd dan maar besloten bij de Hoge Raad dispensatie te bekomen voor deze herberg.   En zo gebeurde het. Swiggers mocht zijn herberg behouden en baatte daarnaast ook nog een brouwerij uit. 

Ook in Beerzel en omstreken was in de periode van het Ancien Regime de gulden de meest gangbare munt.  Deze was verdeeld in 20 stuivers en één stuiver vertegenwoordigde 4 oortjes. De schrijfwijze gebeurde in drie vakjes: 3-10-2 gl is 3 gulden, 10 stuivers en 2 oortjes.