Zijn literaire thriller Het paneel van Vlaanderen (1993) werd door De New York Times Book Review uitgeroepen tot een van de vijf beste buitenlandse boeken van het jaar. Zijn tweede succes was De club Dumas, of De schaduw van Richelieu (1995), een thriller over boeken, spelend in kringen van bibliofielen, bibliomanen en bibliopaten.

Pérez-Reverte speelt graag een intellectueel spel met de lezer die, om volledig van zijn romans te genieten, eigenlijk enige historische kennis moet. Niet alleen zitten de verhalen vol literaire verwijzingen, Pérez-Reverte breidt het spel ook uit met afbeeldingen, schema's en citaten.

Hoofdfiguren in de literaire thrillers van Pérez-Reverte zijn cynische, vermoeide helden. Dat geldt ook voor de hoofdpersoon in Comancheland (1995), een boek dat afwijkt van de romans waarmee hij zijn naam vestigde en waarmee hij afscheid nam van de oorlogsjournalistiek. Zijn literaire thrillers hadden zoveel succes dat hij zich geheel aan het schrijven kon wijden.

Tussen 1996 en 1999 schreef Reverte een reeks lichtere populaire boeken over de stoere en roekeloze Kapitein Alatriste. In 2000 keerde hij terug naar de serieuze fictie met De Oude Zeekaart, gebaseerd op zijn eigen fascinatie met de zee en het zeilen.