Omega Pharma werd opgericht in de vorm van een CV in 1987 door Marc Coucke en een studiegenoot Farmacie, met een geplaatst kapitaal van 750€. De twee vennoten bezaten elk 50% van de aandelen. Kort na de oprichting werd hun eerste product ontwikkeld, een shampoo die in vijfliterflessen werd verkocht aan apothekers. Deze voegden er een bepaalde geur, kleur of actieve stof aan toe, en verkochten het product vervolgens als hun huismerk. Wat later ontwikkelde het duo ook Phytosedan, een natuurlijk rustbevorderend product. Omega Pharma ontwikkelde en verkocht enkel de producten; de productie werd uitbesteed bij derden. In 1989 werd door Omega Pharma de productlijn Uvesol gelanceerd, oorspronkelijk een gamma dat specifiek werd ontwikkeld als beschermingsmiddel bij zonnebankbruinen. De omzet van Omega Pharma steeg van 25.000€ in 1988 naar 150.000€ in 1989. In datzelfde jaar werd door dezelfde vennoten Alpha Pharma CV opgericht, een zusteronderneming van Omega Pharma. De nieuwe entiteit voorzag apothekers van scheikundige basisgrondstoffen, die werden aangewend voor magistrale bereidingen. Alpha Pharma koos voor een exclusieve overeenkomst met Bufa BV: één van 's werelds grootste en gereputeerde specialisten in de verpakking van farmaceutische grondstoffen. In 1993 werden beide vennootschappen omgevormd tot naamloze vennootschappen, elk met een kapitaal van 31.000€. De activiteiten van Omega Pharma en van Alpha Pharma werden verder uitgebreid en de onderneming verwierf stilaan internationale bekendheid. In 1994 deed een Nederlandse groothandelaar in farmaceutische producten een overnamebod op 100% van de aandelen. Marc Coucke wou zijn participatie niet verkopen in tegenstelling tot zijn toenmalige vennoot. Omdat de Nederlandse kandidaat-overnemer niet ge‘nteresseerd was in 50% van de aandelen, en de verdere samenwerking tussen de twee partners bijgevolg niet langer mogelijk was, besliste Marc Coucke om via Couckinvest de totaliteit van de aandelen van zijn partner over te nemen. Dit resulteerde in een korte adempauze in de expansieplannen.

Om de groeiplannen op een versnelde manier te kunnen uitvoeren, werd er gezocht naar een financiële partner. Paresa Invest, een internationale participatiemaatschappij van Nederlandse origine met onder andere een vestiging in Antwerpen, nam een participatie van 25%. In 1996 fusioneerden Omega Pharma en Alpha Pharma, en werd de officiële naam van de Vennootschap Omega Pharma. Deze fusie werd doorgevoerd om een aantal administratieve zaken te vereenvoudigen, om de transparantie van de groepsstructuur te bevorderen en om een later gestructureerd aanbod van de aandelen mogelijk te maken. In 1995 werden 3% van de aandelen verkocht aan het kaderpersoneel om hen optimaal te motiveren naar de toekomst toe. In december 1996 werden 2% van de aandelen verkocht aan een beperkt aantal apothekers (klanten van de vennootschap). Het doel van deze transactie was het opdoen van ervaring met apothekers als aandeelhouders. De conclusie hiervan was positief voor beide partijen: de apothekers voelden zich meer betrokken bij Omega Pharma en wensten extra informatie over alle producten terwijl Omega Pharma genoot van de daaruit volgende hogere omzet. Bovendien verwierf de vennootschap op deze wijze bijkomende informatie en tips, teneinde de dienstverlening te kunnen optimaliseren. In juni 1997 werd een kapitaalverhoging van 65.000 (45) aandelen uitgevoerd via een publieke plaatsing. Ten gevolge van het openbaar bod dat ruim werd over-ingeschreven werd een groot aantal apothekers, bevoorrecht bij de verdeling, aandeelhouder. In september 1997 werden Lomed en Promedis overgenomen, twee ondernemingen uit het Leuvense die de apothekers bevoorraden met vitamines, voedingssupplementen en enkele OTC geneesmiddelen; tevens zijn zij distributeur van een aantal exclusieve merken. De financiering van de overname gebeurde deels door eigen middelen, deels door vreemd vermogen en deels door een nieuwe kapitaalverhoging, waarop werd ingetekend door exaandeelhouders van Lomed en Promedis en het Omega Pharma-management. In juni 1998 werd via een beursintroductie het kapitaal verhoogd met 6,2 miljoen €. De financiële partner, Paresa Invest, heeft ter gelegenheid van deze operatie zijn participatie integraal verkocht.

Na deze operatie werden in een sneltreinvaart bedrijven in België overgenomen en samenwerkingsakkoorden afgesloten. Bijna alle overnames werden partieel uitgevoerd via een aandelenruil waardoor de aandeelhouders van de overgenomen vennootschappen een sterke band blijven behouden met Omega Pharma. Via de overnames van Competel Pharma Systems, Competel Software Development, ICS, Farmix, Cogestic en A2I werd Omega Pharma marktleider in België in de apotheekinformatica; deze divisie werd verder versterkt door samenwerkingsakkoorden met IMS en Belgacom. De apotheekinformatica-activiteiten werden ondergebracht in de fusievennootschappen OmegaSoft Vlaanderen (voor het Nederlandstalig landsgedeelte) en OmegaSoft Wallonie (voor het Franstalig landsgedeelte). Via de overname van Interphar, Erco 2000, ACA Pharma, Discap en De Coninck werd Omega Pharma marktleider in de accessoires en verpakkingsmaterialen. Dit werd nog versterkt door het samenwerkingsakkoord met Gaasch Packaging. Door het strategisch partnership met Conforma werd de positie van Omega Pharma in de markt van de plantaardige grondstoffen gevoelig versterkt. In juni 1999 werd Omega Pharma de belangrijkste speler in België in de markt van de generieke geneesmiddelen in België via het duurzaam samenwerkingsakkoord met Eurogenerics, een 100% dochtermaatschappij van het Duitse Stada GmbH. Door de overname van de groep ABC Dental, New Dental Prospect, Servidental, OHC, JJ Maes-Sygma, Dental Group 2000 en de Lamoral groep, werd door Omega Pharma een nieuwe divisie in het leven geroepen, met name business-to-business voor tandartsen, waarin ze via deze overnames onmiddellijk een marktleiderspositie in België heeft veroverd in zowel de markt van de verbruiksgoederen (consumables) als de markt van de investeringsgoederen (equipment). Op 25 februari 2000 werd via de pers bekend gemaakt dat, na intern overleg met het voltallige personeel, Omega Pharma zijn internationalisatieproces zou starten. Kort na de succesvolle publieke kapitaalverhoging van april 2000 ten belope van 80,845 miljoen €, werd een eerste stap gezet naar de internationale markt via de overname van Les Laboratoires Pharmygiène-Médipôle in Frankrijk in mei 2000. Omega Pharma kreeg onmiddellijk greep op de Franse markt door de overname van het bedrijf met de grootste verkoopploeg op deze markt. Met de overname van Homeoropa, maar vooral Fagron, kreeg Omega Pharma een belangrijke plaats op de Nederlandse markt. De overname van Chefaro, de OTC-afdeling van Akzo Nobel, in december 2000, betekende een nieuwe mijlpaal in de geschiedenis van Omega Pharma: van een 100% Belgisch bedrijf eind 1999 groeide Omega Pharma in 2000 uit tot een internationale groep, gespecialiseerd in gezondheidsproducten en -diensten. Tevens kon Omega Pharma 4 bedrijven uit de OPG-groep verwerven, gespecialiseerd in business-to-business en OTC in de Nederlandse markt, namelijk Spruyt-Hillen, Bufa, SAN en Zeker voor G & G. Gedurende de eerste 13 jaar van zijn bestaan had Omega Pharma zich beperkt tot de Belgische markt. Maar aldus werd wel een unieke ervaring opgebouwd met de uitbouw van een volledige OTC/business-to-business-organisatie, en alle potentiële synergieën en efficiëntie-voordelen werden gedetailleerd uitgetest en zonodig aangepast. Deze kennis en ervaring was de basis voor de snelle internationalisatie, want door de acquisities van vooral Pharmygiène, Fagron en Chefaro werd in 2001 reeds 60% van de omzet buiten België behaald. Maar dankzij de grondige voorbereiding in België , wist Omega Pharma vanaf de start van de internationalisatie naar welke organisatie land per land werd gestreefd en hoe de Omega-strategie lokaal moest toegepast worden. Deze grondige kennis van synergieën, efficiëntie en potentiële partnerships is de basis van het succesvol acquisitiebeleid, waarbij - na integratie - de rentabiliteit van overgenomen bedrijven binnen de groep Omega Pharma meestal substantieel hoger ligt in vergelijking met de stand-alone situatie. Na de succesvolle internationalisatie in 2000 en integraties in 2001, kreeg Omega Pharma de ambitie de consolidator te zijn in de Europese farmaceutische OTC/business-to-businessmarkt. Naast de verdere uitbouw van de bestaande activiteiten, wat resulteerde in een interne groei van 16%, werd in 2002 verder veel aandacht besteed aan acquisities en dit in diverse landen en over verschillende divisies. Aan Omega Medical, de nieuw opgestarte business-to-business-divisie naar artsen, rusthuizen en ziekenhuizen werd vorm gegeven in België en Nederland, voornamelijk via de overnames van Van Hopplynus Ophtalm (business-to-business met oogartsen), HCC (business-to-business met rust- en ziekenhuizen), Distribal (business-to-business met ziekenhuizen), Medicor Nederland (business-to-business met voornamelijk ziekenhuizen), Nova Medica (business-to-business met ziekenhuizen, artsen en specialisten), Medical Quick Supplies (business-to-business met rusthuizen) en Schinkel Medical (business-to-business met ziekenhuizen en rusthuizen). De OmegaSoft divisie ontplooide zich verder en werd actief in de software voor artsen, specialisten, oogartsen en ziekenhuizen via diverse overnames (zowel share als asset deals). Door op te treden als consolidator werd OmegaSoft Medical onmiddellijk de belangrijkste software-leverancier naar artsen toe in België . De verschillende geacquireerde ondernemingen werden tevens gecentraliseerd op één locatie. De dentale divisie breidde zijn activiteitenveld uit naar dentale laboís (business-to-business met tandtechnische laboís) via de overnames van Alphadent en Oudheusden. Ook op het vlak van de business-to-business met apotheken werden de nodige investeringen gedaan met als doel een belangrijke speler te worden in West-Europa op het vlak van scheikundige grondstoffen voor magistrale bereidingen in de apotheek. Zo werden het Duitse Synopharm en het Spaanse Roig Farma onderdeel van de groep. Ook de OTC-activiteiten in diverse landen werden verder uitgebreid. In Frankrijk ondermeer via de acquisities van LSBH, Laboratoire Delta en Poudres T.LeClerc. In het Verenigd Koninkrijk via de aankoop van een aantal gerenomeerde merken van Peter Black Healthcare die aan het productenpallet van Chefaro UK werden toegevoegd. In Portugal werden eigen activiteiten opgestart via Chefaro Portugal (Lissabon) en kon de overname worden gerealiseerd van Prisfar (Porto). Begin 2003 werd ook een Grieks filiaal opgestart (Geromedica) waarin de OTC-producten zijn ondergebracht die gekocht werden van het Griekse farmaceutische bedrijf Gerolymatos. Na deze verdere expansie via externe groei in 2002, werd 2003 meer gekenmerkt door interne groei, waarbij vooral aandacht werd besteed aan synergieën en afronden van integraties. De skincare-business van Numico werd aan Omega Pharma verkocht; de business bestaat uit de merken Biodermal en Galenco en de productiefaciliteit Soprodal. Deze skincarebusiness biedt veel potentieel. In mei 2003 besliste Pharmacia om de samenwerking met Omega Pharma stop te zetten, zowel in België , Spanje als Portugal. Sinds 1 september 2003 is Omega Pharma exclusief distributeur naar apothekers van Medicinale Cannabis in Nederland. In november 2003 breidde Omega Dental uit naar Duitsland door de acqusitie van Multident GmbH, dat consumables, equipment en tandtechnisch materiaal verkoopt aan tandartsen en aan tandtechnische laboís. In april 2004 heeft Omega Pharma Wartner Europe BV overgenomen, de vennootschap die eigenaar is van het Europees merk 'Wartner'. Omega Pharma was reeds de exclusieve distributeur in verschillende Europese landen. Wartner werd onmiddellijk aan de lijst van de Stars toegevoegd.